Procesi gjyqësor penal fillon në bazë të ngritjes së aktakuzës në gjykatë nga ana e prokurorit të shtetit. Aktakuza paraqitet në Gjykatën Themelore ose në degën e saj e cila ka  kompetencë për ta shqyrtuar lëndën.

Fillimisht aktakuza së bashku me provat dhe shkresat tjera të lëndës, dorëzohet në zyrën e pranimit, e cila me këtë rast e protokollon aktakuzën dhe pastaj të njëjtën e dërgon në Zyrën për Menaxhimin e Lëndëve (ZML).

Zyra për Menaxhimin e Lëndëve e regjistron dhe e formon lëndën, të cilës ia cakton numrin identifikues. Caktimi i lëndës bëhet përmes shortit, i cili realizohet me mjete elektronike, e sipas shortit lënda caktohet te gjyqtari i caktuar.

Varësisht se për çfarë vepre penale është ngritur aktakuza, lëndën e vendos një gjyqtar i vetëm gjykues ose trupi gjykues i përbërë nga 3 gjyqtar.

Nëse është zbatuar mundësia hetuese e veçantë, njëri nga gjyqtarët e kolegjit caktohet si gjyqtar i vetëm gjykues ose si kryetar i trupit gjykues ose si anëtar i trupit gjykues.

Gjyqtari i vetëm gjykues ose kryetari i trupit gjykues përcakton sipas detyrës zyrtare nëse ka kompetencë të gjykojë çështjen që përfshihet në aktakuzë.

Në rast se çështja e përfshirë në aktakuzë nuk është në kompetencë të gjykatës themelore para së cilës është paraqitur aktakuza, atëherë gjykata me aktvendim shpallet jo-kompetente dhe lëndën i’a dërgon gjykatës për të cilën mendon se është kompetente.

Në rast se çështja që përfshihet në aktakuzë bie në kompetencë të gjykatës, atëherë Gjyqtari i vetëm gjykues ose kryetari i trupit gjykues cakton menjëherë shqyrtimin fillestar.

Shqyrtimi fillestar duhet të mbahet brenda 30 ditëve pas ngritjes së aktakuzës.

Nëse i pandehuri është në mbajtje në paraburgim, shqyrtimi fillestar mbahet në mundësinë e parë, por jo më vonë se 15 ditë pas ngritjes së aktakuzës.

Gjyqtari i vetëm gjykues ose kryetari i trupit gjykues njofton prokurorin e shtetit, të pandehurit dhe mbrojtësit e tyre për kohën dhe vendin e mbajtjes së shqyrtimit fillestar. 

Gjatë shqyrtimit fillestar nuk merret në pyetje asnjë dëshmitar apo ekspert dhe nuk paraqitet asnjë provë, përveç nëse dëshmitari është i nevojshëm për marrjen e vendimit mbi vazhdimin ose zbatimin e masave për të siguruar praninë e të pandehurit në procedurë.

Pasi që gjyqtari i vetëm gjykues ose kryetari i trupi gjykues bindet se i pandehuri e kupton aktakuzën, të pandehurit i ofron mundësinë të pranojë fajësinë ose të deklarohet i pafajshëm. I pandehuri mund të pranojë fajësinë dhe të kërkojë gjykim të shkurtuar.

Për veprat penale të dënueshme me gjobë ose/dhe me burgim deri në 3 vjet, gjyqtari i vetëm gjykues ose prokurori informojnë dhe mund të iu propozojnë të dëmtuarit dhe të akuzuari të ta zgjidhin rastin e tyre në procedurë alternative përmes ndërmjetësimit.

Referimi në ndërmjetësim mund të bëhet edhe në faza të mëvonshme të procedurës, por jo më vonë se para dhënies së fjalës përfundimtare në shqyrtim gjyqësor.

Gjyqtari i vetëm gjykues ose kryetari i trupit gjykues njofton të pandehurin dhe mbrojtësin se para shqyrtimit të dytë, ata mund:

• të paraqesin kundërshtimet e tyre për provat e cekura në aktakuzë;
• të paraqesin kërkesat për hedhjen e aktakuzës nëse është e ndalur ligjërisht; dhe
• të paraqesin kërkesat për hedhjen e aktakuzës për shkak të mospërshkrimit të veprës penale sipas ligjit.

Gjyqtari i vetëm gjykues ose kryetari i trupit gjykues cakton shqyrtimin e dytë jo më herët se 30 ditë pas shqyrtimit fillestar dhe jo më vonë se 40 ditë pas shqyrtimit fillestar. Në shqyrtimin e dytë marrin pjesë prokurori i shtetit, i pandehuri ose të pandehurit dhe mbrojtësit.

Gjatë shqyrtimit të dytë, gjyqtari i vetëm gjykues ose kryetari i trupit gjykues shqyrton kundërshtimet e provave dhe propozimet për hedhje të aktakuzës të paraqitura nga i pandehuri. Ai mund të kërkojë nga prokurori i shtetit që të përgjigjet gojarisht gjatë shqyrtimit ose me shkrim. Asnjë dëshmitar apo ekspert nuk merret në pyetje dhe nuk paraqiten prova gjatë shqyrtimit të dytë.

Në shqyrtim gjyqësor thirret i akuzuari dhe mbrojtësi i tij, prokurori i shtetit, i dëmtuari dhe përfaqësuesit e tyre ligjor, përfaqësuesit e autorizuar, përkthyesi, dëshmitarët dhe ekspertët e propozuar nga prokurori i shtetit në aktakuzë dhe nga i akuzuari.

Të akuzuarit i dërgohet thirrja jo më vonë se 8 ditë para shqyrtimit gjyqësor që ai të ketë kohë të mjaftueshme ndërmjet dërgimit të thirrjes dhe ditës së shqyrtimit gjyqësor për përgatitjen e mbrojtjes.

Shqyrtimi gjyqësor zhvillohet sipas radhës, ku fillimisht në fjalën hyrëse prokurori i shtetit e merr fjalën, e lexon aktakuzën, pastaj i dëmtuari e merr fjalën, e pas tij radhën e ka i akuzuari i cili deklarohet rreth fajësisë apo pafajësisë së tij.

Në rast se i akuzuari deklarohet i pafajshëm, atëherë procedura vazhdon me shtjellimin e provave, ku fillimisht prokurori i shtetit i paraqet provat e mbledhura, pastaj i dëmtuari nëse ka të tilla dhe pas tij i akuzuari i paraqet provat apo kundër-provat përmes mbrojtësit të tij.

Pas administrimit të provave, prokurori dhe mbrojtësi i të akuzuarit parashtrojnë pretendimet e tyre në fjalën përfundimtare, ku mund të paraqesin pyetje dhe të bëjnë replikë.

• Nëse shqyrtimit gjyqësor mbahet para gjyqtarit të vetëm gjykues, shqyrtimi gjyqësor duhet të përfundohet brenda 90 ditësh.
• Nëse shqyrtimit gjyqësor mbahet para trupit gjykues, shqyrtimi gjyqësor duhet të përfundohet brenda 120 ditësh.

Pas përfundimit të shqyrtimit gjyqësor, gjykata merr vendim brenda 15 ditësh.

Pas përfundimit të gjykimit, gjykata mund të merr këto lloje të aktgjykimit:

• Aktgjykim refuzues (e refuzon akuzën dhe e liron të akuzuarin).
• Aktgjykim lirues (e shpall të pafajshëm të akuzuarin dhe e liron nga akuza);
• Aktgjykim fajësues (e shpall fajtor të akuzuarin dhe e dënon sipas ligjit);

Kundër vendimit të gjykatës së shkallës së parë palët mund të bëjnë ankesë në Gjykatën e Apelit në Prishtinë brenda 15 ditësh nga dita e dorëzimit të kopjes së aktgjykimit.

Ankesa e personit të autorizuar e paraqitur brenda afatit të caktuar e pezullon ekzekutimin e aktgjykimit.